Institute for Biocomputation and Physics of Complex Systems of the University of Zaragoza

Top level research

The different areas of research at BIFI are producing top level results in several of the main research lines of modern Biotechnology, from many different perspectives and making use of the interdisciplinary environment create. Research covers a wide range of methods, from in-vivo to in-silico, always devoted to the most accurate description of biotechnological systems. Just to mention a few of the most recent ones, last year we published works as these ...

 

  

      

 

Where are our former PhD students now?

Name Supervisor Profesional status
Beatriz Herguedas Milagros Medina Trullenque /Marta Martínez Júlvez Postdoctoral researcher at Medical Research Council: Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK
Mauro Faccin Pierpaolo Bruscolini Postdoctoral researcher at
ISI Foundation (Turín, Italia).
Alejandro Tejedor Cubero Amalio Fernández-Pacheco Postdoctoral researcher at University of Minnesota, USA
Pablo García Risueño José Luis Alonso Buj Postdoctoral researcher at Institut de la Max Planck Gesellschaft.
Sandro Meloni Yamir Moreno Postdoctoral researcher at BIFI
Diego Prada Gracia Fernando Falo Postdoctoral researcher at Freiburg Institute for Advanced Studies
Freibug , Germany
Isaías Lans Vargas Milagros Medina Postdoctoral researcher at  Universidad Industrial de Santander, Bucaramanga, Colombia
Aitor Hernández Ortega Patricia Ferreira Postdoctoral researcher at University of Manchester, UK
Sara Ayuso Javier Sancho Employee at Instituto Nacional de Toxicología y Ciencias Forenses
Carlos Gracia Lázaro Yamir Moreno Postdoctoral researcher at BIFI
Carmen Pellicer Lostao Ricardo López Ruíz Employee at Telefónica S.A.
Sonia Arilla Luna Milagros Medina Tearcher at IES Río Gállego.
Ana Sánchez Azqueta Milagros Medina Postdoctoral researcher at  Medical Research Council, Toxicology Council, Leicester, UK
Antonio José Díaz Pérez Pilar Catalán Profesor titular de Genética. Universidad Central de Venezuela, Maracay, Venezuela
Juan Viruel Sánchez Pilar Catalán Postdoctoral researcher at  Universidad de Sevilla.
Vladimir Espinosa Javier Sancho Postdoctoral researcher at University of  Luxemburg
Juan Martínez Oliván Javier Sancho Certest Biotech S.L, R+D department
Laura Botello Morte Maria F. Fillat Postdoctoral researcher at Universidad de Zaragoza
Raquel Álvarez Baños Yamir Moreno Scientific Software Developer en STFC, Rowstock, Oxfordshire, United Kingdom.
Joaquín Sanz Remón Yamir Moreno Postdoctoral researcher at CHU Sainte-Justine, Montreal, Québec, Canada.
Alessio Vizcenzo Cardillo Jesús Gómez Gardeñes/Sandro Meloni Postdoctoral researcher at  Ecole Polytechnique Federate de Lausanne (EPFL), Lausanne, Switzerland
Juan José Galano Frutos Javier Sancho Postdoctoral researcher at BIFI
Jorge Estrada Javier Sancho Employee at Barcelona Supercomputing Center

 

Recent PhD Thesis 

In this environment, several PhD thesis are written every year, covering a rather wide range of topics.  The list of PhD Thesis presented in the last five years, in Biochemistry, Physics, Computer Science and Mathematics include

 

2011

Title: Bases estructurales de la biosíntesis de cofactores flavínicos en procariotas and de la  interacción and transferencia electrónica fotosintética
Author: Beatriz Herguedas
Supervisors: Milagros Medina and Marta Martínez Júlvez
University: University de Zaragoza. FACULTAD/ESCUELA: Facultad de Ciencias
Date: 13 Mayo 2011.
Grade: Sobresaliente Cum Laude. PREMIO EXTRAORDINARIO

 
Title: Analysis and Development of Algorithms for the Characterization of Biopolymers and Application to Protein Sequencing and Protein Folding
Author: Mauro Faccin
Supervisor: Pierpaolo Bruscolini
University: University de Zaragoza, Facultad de Ciencias
Date: 28/10/2011
Grade: Sobresaliente cum laude
 
Title: Autómatas Celulares and Sismicidad
Author: Alejandro Tejedor Cubero
Supervisors: Amalio Fernández- Pacheco Pérez and Javier Gómez Jiménez
University: Zaragoza. Facultad: Ciencias

Date:2011
Grade: Sobresaliente Cum Laude

 
Title: Improving simulation of biological molecules: refining mathematical, physical and computational tools
Author: Pablo García-Risueño
Supervisors: José luis Alonso, Pablo Echenique, Ángel Rubio
University: University de Zaragoza. Facultad: Facultad de Ciencias

Date: 14/12/2011
Grade: Sobresaliente cum laude

 
Title: Complex Technological Networks: Structure, Dynamics and Algorithms
Author: Sandro Meloni
Supervisors: Yamir Moreno & Stefano Panzieri 
University: University de Roma III

Date:
Grade: Summa Cum Laude

 
Title: "Paisajes de Energía Libre en Modelos de Biomoléculas”.
Author: Diego Prada Gracia.
Supervisors: Fernando Falo
University: Zaragoza. Facultad: Ciencias

Date: 2011
Grade: Sobresaliente "cum Laude"

 

2012

Title: Estudio teórico del mecanismo de transferencia de electrones en flavoproteínas implicadas en la cadena fotosintética de Anabaena.
Author: Isaías Lans Vargas
Supervisors: Milagros Medina / Mireia García-Viloca
University: University de Zaragoza
Date: 19/07/2012.
Grade: Sobresaliente cum laude. PREMIO EXTRAORDINARIO
 
Title: Mecanismo catalítico de la Aril alcohol oxidasa de Pleurotus eryngii
Author: Aitor Hernández Ortega
Supervisors: Ángel Martínez / Patricia Ferreira
University: University Autónoma de Madrid
Date: 25/05/2012.
Grade: Sobresaliente cum laude
 
Title: Análisis estructural and termodinámico de las conformaciones que pueblan la desnaturalización térmica de la apoflavodoxina de Anabaena PCC7119.
Author: Sara Ayuso
Supervisor(s): Javier Sancho
University: University de Zaragoza
Date: 13/04/2012
Grade: APTO cum laude. PREMIO EXTRAORDINARIO
 
Title: Polinomios cúbicos riemannianos: uma abordagem hamiltoniana e aplicaçoes
Author: Lígia Raquel dos Santos Abrunheiro
Supervisor(s): Margarida Camainha and Jesús Clemente Gallardo
University: Coimbra (Portugal)
Date: 14 septiembre 2012
Grade: Aprovado com distinçao e louvor (Maxima posible)
 
Title: Dynamics and Collective Phenomena of Social Systems.
Author: Carlos Gracia Lázaro
Supervisor(s): Yamir Moreno and Luis Mario Floría
University: University de Zaragoza
Date: 27 de Noviembre de 2012
Grade: Apto cum laude
 
Title: Criptosistemas caóticos: estudio, diseño and aplicaciones
Author: Carmen Pellicer-Lostao
Supervisor: Ricardo López-Ruíz
University: University Autónoma de Madrid
Date: 12-Julio-2012
Grade: Apto cum Laude
 

2013

Title: Relación estructura-función de enzimas implicadas en el metabolismo de flavinas en organismos procariotas
Author: Sonia Arilla Luna
Supervisor(s): Milagros Medina
University: University de Zaragoza
Date: 15 Julio 2013
Grade: Sobresaliente Cum Laude.
 
Title: Mecanismos catalíticos en ferredoxina-NADP+ reductasas de tipo planta
Author: Ana Sánchez Azqueta
Supervisor(s): Milagros Medina
University: University de Zaragoza.
Date: 4 Octubre 2013
Grade: Sobresaliente Cum Laude
 
Title: Evolución, genética and filogeografía de gramíneas templadas (Loliinae, Gramineae) and otros organismos modelo
Author: Antonio José Díaz Pérez
Supervisor(s): Pilar Catalán
University: University de Zaragoza / Escuela Politécnica Superior de Huesca
Date: 20/11/2013
Grade: Sobresaliente cum laude

 

2014

Title: Biología evolutiva and genética de la conservación del grupo endémico chileno Epipetrum (Dioscoreaceae)
Author: Juan Viruel Sánchez
Supervisor(s): Pilar Catalán, José Gabriel Segarra-Moragues
University: University de Zaragoza / Escuela Politécnica Superior de Huesca
Date: 14/02/2014
Grade: Sobresaliente cum laude
 
Titulo: A bioinformatics study of protein conformational flexibility and misfolding
Author: Vladimir Espinosa
Supervisor(s): Javier Sancho
University: University de Zaragoza
Facultad/escuela: Facultad de Ciencias
Date: 01/04/2014
Grade: Sobresaliente cum laude
 
Titulo: Mecanismo de incorporación celular de LDL and β-VLDL: análisis estructural and funcional de la región extracelular del receptor de LDL
Author: Juan Martínez Oliván
Supervisor(s): Javier Sancho
University: University de Zaragoza
Facultad/escuela: Facultad de Ciencias
Date: 20/06/2014
Calificacion: Sobresaliente cum laude
 
Title: Redox properties of the global regulator FurA from Anabaena sp. PCC 7120 and their functional implications
Author: Laura Botello-Morte
Supervisor(s): María F. Fillat and M. Teresa Bes
University: University de Zaragoza
Date: 14 de julio de 2014
Grade: Sobresaliente cum laude
 
Title: Collective behavior and information structure in socio-technical networks: Analysis and models
Author: Raquel Álvarez Baños
Supervisor(s): Javir Borge-Holthoefer and Yamir Moreno
University: University de Zaragoza
Date: 11 de Julio de 2014
Grade: Sobresaliente cum laude
 
Title: Tackling Complexity in Biological Systems: multi-scale approaches to tuberculosis infection
Author: Joaquín Sanz Remón
Supervisor(s): Yamir Moreno
University: University de Zaragoza
Date: 22 de Octubre de 2014
Grade: Sobresaliente cum laude
 
 
Title: Beyond simple complex-networks: coevolution, multiplexity, and time-varying interactions
Author: Alessio V. Cardillo
Supervisor(s): Jesús Gómez Gardeñes and Sandro Meloni
University: University de Zaragoza
Date: 4 de Julio 2014
Grade: Sobresaliente Cum Laude
 

2015

Title: Characterization of the MmpL4/MmpS4 efflux system in Mycobacterium bovis and Mycobacterium tuberculosis
Author: Rebeca Bailo Vergara
Supervisor(s): José A. Aínsa Claver
University: University de Zaragoza
Date: 22/09/2015
Grade: Sobresaliente cum laude
 
Title: Estudio de los mecanismos moleculares de
enzimas de unión a nucleótidos
Author: Erandi Lira-Navarrete
Supervisor(s): Ramón Hurtado-Guerrero and Marta Martínez-Julvez
University: University de Zaragoza
Date: 17 de abril
Grade: Cum Laude
 
Title: Disentangling the marginal problem in quantum chemistry
Author: Carlos Leonardo Benavides Riveros
Supervisor(s): José M. Gracia Bondía
University: Zaragoza
Date: 24.09.2015
Grade: Cum laude & Mención internacional
 
Title: Redes de interacción ecológicas: Balance and frustración en redes complejas con signo
Author: Andrea Girón Dolader
Supervisor(s): Jesús Gómez Gardeñes
University: University de Zaragoza
Date: Julio 2015
Grade: Sobresaliente
 
Title: The reductase activity of the human Apoptosis Inducing Factor: molecular bases and implications in the enzyme apoptotic activity
Author: Raquel Villanueva Llop
Supervisor(s): Milagros Medina and Patricia Ferreira
University: University de Zaragoza.
Date: 15 Diciembre 2015
Grade: Sobresaliente cum laude
 
Title: Herramientas computacionales para el estudio de la estabilidad de proteínas and de la interacción entre proteínas and pequeñas moléculas
Author: Jorge Estrada Collado
Supervisor: Javier Sancho Sanz
University: Zatagoza
Date: 2015
Grade: SOBRESALIENTE cum laude
 
Title: Helicobacter pylori: Eventos biomoleculares asociados a la aparición de resistencia and al mecanismo de intercambio anión/agua en la superficie de Fld. Diseño optimización de nuevos compuestos con actividades farmacológicas.
Author: Juan José Galano Frutos
Supervisor: Javier Sancho Sanz
University: Zaragoza
Date: 2015
Grade: SOBRESALIENTE cum laude
 
Títle: Mesoscopic Modeling of DNA under the influence of mechanical and termal forces
Author: Ana Elisa Bergues Pupo.
Supervisors: F. Falo y A. Fiasconaro
University: Zaragoza
Date: 11 Dec 2015
Grade: Sobresaliente “cum Laude”

2016

TitleMODELIZACIÓN ESTADÍSTICA: PROBLEMAS DE CLASIFICACIÓN BINARIA, APLICACIONES EN ONCOLOGA.
Author: Esteban Escao, Luis Mariano
Supervisor(s): Sanz Saiz, Gerardo
UniversityZaragoza
Date13/01/2016
GradeSobresaliente "Cum Laude"
 
TitlePAPEL MODULADOR DEL SITIO DE FOSFORILACIÓN SERINA 126 EN LA REGULACIÓN DEL CO-TRANSPORTADOR RENAL DE NA-K-CL (NKCC2).
Author: Ibaez Tomey, Carmen Rosa
Supervisor(s): Meade Huerta, Patricia. Gimnez López, Ignacio
University: Zaragoza
Date: 20/01/2016
Grade: Sobresaliente "Cum Laude"
 
Title: CONTRIBUTIONS TO PROBABILISTIC EARTHQUAKE FORECASTING.
Author: Gonzalez Gómez, Alvaro
Supervisor(s): Fernández-Pacheco Prez, Amalio. Gmez Jiménez, Javier
University: Zaragoza
Date: 22/01/2016
Grade: Sobresaliente "Cum Laude"
 
Title: MODELING BIOMOLECULES: INTERACTIONS, FORCES AND FREE ENERGIES.
Author: Tapia Rojo, Rafael
Supervisor(s)Falo Forniés, Fernando. Mazo Torres, Juan José
University: Zaragoza
Grade: Sobresaliente cum laude
Date: 22/01/2016
 
Title: REGULACIÓN DE NKCC2 POR LA PROTEÍNA KINASA DEPENDIENTE DE AMP EN MODELOS IN VITRO DE ASA DE HENLE.
Author: Martinez Gimeno, Laura
Supervisor(s): Meade Huerta, Patricia
University: Zaragoza
Date: 22/01/2016
Grade: Sobresaliente "Cum Laude"
 
Title: FPGA-BASED SPECIAL-PURPOSE COMPUTERS: APPLICATION TO SPIN GLASS SIMULATIONS
Author: José Miguel Gil Narvin
Supervisor(s): Iñiguez Dieste,  David.  Navarro,Denis
University: Zaragoza
Date: 26/01/2016
Grade: Sobresaliente

 
Title: INFERENCIA ESTADÍSTICA CON DELTA-RCORDS.
Author: Maldonado Guaje, Lina Patricia
Supervisor(s): Sanz Saiz, Gerardo. López Lorente, Francisco Javier
University: Zaragoza
Date: 28/01/2016
Grade: Sobresaliente cum laude
 
Title: MULTIPLEX NETWORKS: STRUCTURE AND DYNAMICS.
Author: Cozzo, Emanuele
Supervisor(s): Moreno Vega, Yamir
University: Zaragoza
Date: 02/02/2016
Grade: Sobresaliente cum laude
 
TitleCARACTERIZACIN DEL PROMOTOR Y DE LA FUNCIÓN DE MTCH1/PSAP.
Author: Nelo Bazán, Maria Alejandra
Supervisor(s): Carrodeguas Villar, José Alberto
University: Zaragoza
Date: 05/02/2016
Grade: Sobresaliente
 
Title: EVOLUTION, TAXONOMY AND ENVIRONMENTAL NICHE VARIATION OF THE BRACHYPODIUM DISTACHYON COMPLEX (POACEAE).
Author: López Álvarez, Diana Carolina
Supervisor(s): Catalán Rodríguez, María Pilar
University: Zaragoza
Date: 12/02/2016
Grade: Sobresaliente cum laude
 
Title: ESTUDIOS MECANÍSTICOS DE LA O-FUCOSILACIN EN PROTEÍNAS Y DESARROLLO DE ANTIFÚNGICOS FRENTE A TRANSGLICOSILASAS DE LA PARED CELULAR.
Author: Valero González, Jessika
Supervisor(s): Hurtado Guerrero, Ramón
University: Zaragoza
Date: 25/02/2016
GradeSobresaliente cum laude
 
Title: ESTUDIO FUNCIONAL DE LA PROTEINA FURB (ZUR) DE ANABAENA SP. PCC 7120: CARACTERIZACIN BIOQUMICA E IMPLICACIN EN LA RESPUESTA A ESTRS OXIDATIVO.
Author: Calvo Sein-Echaluce, Violeta
Supervisor(s): Fillat Castejón, Mara Francisca
University: Zaragoza
Date: 29/04/2016
Grade: Sobresaliente cum laude
 
Title: INTERVENCIÓN A TRAVÉS DE LA ESTIMULACIÓN COGNITIVA EN PERSONAS MAYORES SANAS CON NECESIDADES ESPECIALES EN ATENCIÓN PRIMARIA.
Author: Calatayud Sanz, Estela
Supervisor(s): Plo Alastrué, Blas Fernando. Muro Baquero, Carmen Magdalena
University: Zaragoza
Date: 06/07/2016
Grade: Sobresaliente cum laude